2. sezon "Narcos: Meksyk" to dalszy ciąg historii Miguela Ángela Félixa Gallardo, teraz już ojca chrzestnego pierwszego meksykańskiego kartelu, który próbuje utrzymać władzę, rozwijać swoje imperium i poradzić sobie ze zdradami i ofiarami poniesionymi w drodze do pozycji El Padrino. Jednocześnie do akcji wchodzi zawzięty i nieprzestrzegający zasad agent DEA Walt Breslin (Scoot McNairy), którego operacja destabilizuje kartel.